У 992 році запроваджено в Чернігові єпископську кафедру (єпархію). З часів княгині Ольги сіверяни чули про Христа, але затвердження християнства на землі Чернігівській літописець відносить до часів князя Володимира. В 992 р., говориться в літопису, "взя Владимир у патриарха Митрополита Києву Леонта и того же лета постави Леонт Митрополит Чернигову Неофита". Призначенням цього першого Чернігівського Архіпастиря і було покладено початок Чернігівській єпархії. В урочищі Святому поблизу Чернігова є озеро, в якому, за легендою, чернігівці прийняли хрещення. Це озеро і зараз називається Святим.

До складу єпархії входила не тільки Чернігівщина, а й Орловська, частина Могильовської, Калузька, Рязанська, Тульська і Воронезька губернії.

Багато діячів єпархії, її керівників працювали на ниві української культури. Лазар Баранович залишився в пам'яті народній як видатний вчений і просвітитель. За часи його управління єпархією було відновлено храми, відкрито школи і друкарні в Новгороді-Сіверському та Чернігові. Л. Баранович заснував хорову капелу, для якої писав музику. Ним видано кілька збірок поезії. Учні Л. Барановича Іоанникій Галятовський, Адам Зерникав, Дмитро Туптало, які багато зробили для зміцнення Чернігівської єпархії,  стали  класиками давньоруської літератури.

Уродженець Ніжина Іоанн Максимович управляв єпархією 14 років. З його ініціативи в 1700 р. Чернігівський колегіум перетворено на духовну семінарію, де здобували освіту діти не тільки священиків, а й дворян, козаків та міщан. Наприкінці минулого століття в Чернігівській духовній семінарії навчались П. Тичина, Г. Верьовка та інші діячі української культури, Іоанн Максимович – автор багатьох прозових та віршованих творів, які були відомі за межами України.

Філарет Гумілевський управляв Чернігівською єпархією з 1859 по 1866 рік. Особливою його увагою користувалась духовна семінарія, яку було перебудовано. Нарешті тут відкрили бібліотеку. Філарет заснував єпархіальне жіноче училище, відкрив нові школи. І сьогодні дослідники Чернігівського краю звертаються до багатотомної праці Філарета "Историко статистическое описание Черниговской епархии".

Чернігівська єпархія мала свій друкований орган-журнал "Черниговские епархиальные известия". Неофіційна частина часопису публікувала статті з історії, археології, етнографії Чернігівщини. Авторами цих публікацій були священики.

В 1911 р. за ініціативою єпископа Чернігівського і Ніжинського Василія здійснено видання книги "Картины церковной жизни Черниговской епархии из ІХ-вековой ее истории", яка і сьогодні являє інтерес для дослідників минулого Чернігівщини.

В наступні десятиріччя Чернігівська єпархія зазнала багато страждань. Сьогодні вона отримала ті права, які було знехтувано. Під управління єпархією повертаються храми, собори, монастирі. Відкрито дві недільні школи в Чернігові. У Троїцькому соборі – духовне училище регентів і псаломщиків Священики єпархії виступають з лекціями в школах, організаціях, військових установах. Відвідують будинки преистарілих, в'язниці, жіночу колонію.