Дальнейшее развитие Чернигова, как я всей Древней Руси, было прервано нашествием многочисленных орд хана Батыя. В октябре 1239 г. к городу подступила орда хана Менгу. На выручку осажденным попытался пробиться князь Мстислав Глебович, двоюродный брат черниговского князя Михаила Всеволодовича, который незадолго до этого покинул город. У стен Чернигова началась ожесточенная сеча, "Лют бо бе бой у Чернигова,-сообщает летопись,-оже и тараны на не по-ставиша и меташа на не камением полтора перестрела, а камень же яко можаху 4 мужем силным подняти". Однако силы были неравными, "и побежден бысть Мстислав. Множество от воя его избиено бысть". 18 октября 1239 г. орды Батыя "град взяша и запалиша огнем". Раскопки на территории древнего Чернигова полностью подтвердили летописные известия об этой трагедии. Археологи обнаружили следы большого пожара, остатки разрушенных и обгоревших домов, дворцовых зданий.

Чернигов был превращен в руины, большинство его жителей истреблено либо угнано в рабство. Завоеватели, однако, сохранили институт княжеской власти. Один из немногих источников но история края в XIII- XIV вв.- синодик Любечского Антониенского монастыря сохранил имена черниговских князей той поры. Лишь некоторым из них удалось сыграть заметную роль в политической жизни. Так, вначале не признавал зависимости от Золотой Орды и искал поддержки на Западе князь Михаил Всеволодович. В 1245 г. он возвратился в Чернигов. Затем поехал к Батыю, надеясь получить от пего ярлык на Черниговское княжество. но в 1246 г. за отказ исполнить языческий обряд был казнен. Такая же участь постигла и его сына Романа Михайловича Старого в конце 80-х годов XIII века.