Располагается оно на живописной и благодатной территории Троице-Ильинского монастыря в здании бывшего архиерейского дома. Такое удачное расположение Черниговской духовной школы, в стенах древнейшей на Руси обители (по преданию основанной еще преп. Антонием Печерским в XI в.), под молитвенным покровом черниговских чудотворцев свт. Феодосия, свт. Филарета и преп. Лаврентия чудотворцев Черниговских, мощи которых почивают здесь же в Свято-Троицком кафедральном соборе, что, как нельзя лучше, способствует воспитанию учащихся в истинно христианском духе.